超声波细胞破碎仪的探头末端离液面10-15mm，超声波是垂直纵波，插入太深不易形成对流，会直接影响破碎效率。切记空超，空超的时间越长，对仪器的伤害越大。
为预防冰浴融化后液面下降导致空载，样品需放在1.5ml的EP管里切记要将EP管固定好。超声细胞破碎仪设置键好仪器工作参数，对于对温度要求比较敏感的样品(比如细菌)一般外面采用冰浴，实际温度肯定是低于25℃，蛋白核酸肯定不会变性。
超声波细胞破碎仪的保养至关重要，来看看是怎么做的吧：
使用完后用酒精擦洗探头或用清水进行超声清洗。先应安放在干净干燥处，不可放置在潮湿高温、灰尘及有腐蚀性气体的地方。容器容量及形状的选择与样品的对少相协调，采用细长形容器破碎效果好。
超声波细胞破碎仪后面板上变幅杆选择开关应在变幅杆相应位置，新变幅杆应与选择开关对应。建议采用短时间多次粉碎，超声时间在5秒以内，间隔时间在5秒以下。破碎仪的变幅杆擦入液面深度在10-15mm之间，末端离容器底部大于30mm，严禁在末端没有插入液体时开机。
当超声波细胞破碎仪使用一定时间后，变幅杆末端会被空气腐蚀而发毛，可用石油或锉刀锉平，否则会影响工作效果。由于外部信号出现故障或出现保护指示情况时，保护指示灯亮，仪器停止工作，提示工作人员排除故障，待故障排除后按保护复位键恢复正常工作。超声破碎时由于超声波在液体中起空化效应，回使液体温度很快升高，建议采用短时间（每次不超过5秒）的多次破碎，同时可外加冰浴冷却。
