真空冷冻干燥机可广泛用于医药、生物研究、化工和食品等领域。经冷冻干燥处理的物品易于长期保存，加水后能恢复到冻干前状态并保持原有生化特性。台式真空冷冻干燥机适用于实验室使用或少量生产，可满足大多数实验室常规冻干的要求。
冻干法则基本上在0℃以下进行，即在产品冻结的状态下进行，只在后期降低产品的残余水份含量时，才让产品升至0℃以上的温度，但一般不超过40℃。在真空条件下，当水蒸汽直接升华出来后，药物剩留在冻结时的冰架中，形成类似海绵状疏松多孔架构，因此它干燥后体积大小几乎不变。再次使用前，只要加入注射用水，又会立即溶解。
真空冷冻干燥机的冻干技术应用在中药制剂生产中时，药液在冻干前分装，方便、准确、可实现连续化。在低温低压下干燥，有利于热敏性成分保持活性，可避免高温高压下的分解变性或者变质。冻干产品含水量低（一般在1%-3%），同时可在真空，甚至通氮气保护条件下干燥和保存，产品不易被氧化，有利于长途运输和长期保存。产品为多孔疏松结构且颜色基本不变，复水性好，冻干药品能迅速吸水还原成冻干前状态。
真空冷冻干燥机易进行无菌化操作，可以大批量无菌化生产。冻干设备封闭操作，安装环境洁净度高，减少杂菌和微粒的污染，干燥中和封装后的真空缺氧可以起到灭菌和抑制某些细菌活力的作用。采用冷冻干燥的方法制备中药制剂重要的设备就是真空冷冻干燥机，选择一台合适的冷冻干燥机有利于冻干工艺的优化，并且可以提高冻干效率，确保冻干过程成功进行。
